Classification of Cohesin family using class-specific motifs

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Galatasaray Üniversitesi, Mühendislik ve Teknoloji Fakültesi, Bilgisayar Mühendisligi, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MİTHAT ERCÜMENT ESER

Danışman: REİS BURAK ARSLAN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Biyoenformatik, biyolojik bilginin saklanması, elde edilmesi, organize edilmesi ve analiz edilmesini sağlayan ve iyileştiren bilim dalıdır. Bu sebeple biyoenformatik, moleküler biyoloji için önemli bir hale gelmiştir. Protein dizilimlerinin analizinde kullanılabilecek bir yöntem bunların sınıflandırılması ve yeni bulunan proteinlerin sınıfının belirlenmesini sağlamaktır. Bununla beraber proteinlerin görevlerini temsil eden küçük parçaları olan motiflerin bulunması, protein yapısını ve protein-protein ikişkilerini göstermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, Cohesin protein ailesinin sınıfa özel yüksek özgüllük içeren motifleri çeşitli indirgenmiş aminoasit alfabeleri/gruplamaları ve farklı n-gram uzunlukları ile bulunup J48, Support Vector Machine ve Naïve Bayes ile sınıflandırılmıştır. Sonuçta 5-gram uzunluklu Sdm13 alfabesi ile seçilen 10 özellik ile Naïve Bayes algoritması kullanılarak % 99.09 başarı ile sınıflandırma sağlanmıştır.